在北宋那道教盛行、门派林立的时期，神霄派宛如一颗崛起的新星，然而其迅猛发展却引发了与其他道教派别的诸多冲突。
神霄派以其独特的“神霄说”和雷法思想，在短短时间内吸引了大量的信徒与道士投身其中。林灵素凭借宋徽宗的宠信，大肆宣扬神霄派的正统性与优越性，这无疑对其他门派构成了巨大的威胁。
龙虎山天师道，作为道教的老牌名门正派，对神霄派的扩张深感不满。天师道的高道们认为，神霄派虽有创新之处，但对传统道教教义的解读过于偏激，且其借助皇权打压其他派别，实非正道所为。在一次道教论道盛会上，神霄派的弟子率先发难，宣扬神霄天是道教最高神府，神霄派才是最能沟通神灵、掌握天地玄机的门派，言语间对天师道等派别多有轻视。天师道的一位资深长老怒而起身，反驳道：“我天师道传承千年，自祖天师创教以来，一直秉持着正统的道教理念，济世救人，从未如尔等这般巧言令色，借皇权以自重。”神霄派弟子不甘示弱，竟以雷法示威，一时间风云变色，雷电隐隐在会场周围闪现。天师道的道士们亦迅速结阵，施展本门的符咒之术，双方剑拔弩张，气氛紧张到了极点。
茅山派同样与神霄派产生了激烈的冲突。茅山派擅长符咒、斋醮与炼丹之术，在民间和士大夫阶层都有着极高的声誉。神霄派的崛起抢夺了许多原本属于茅山派的信众资源。一些原本寻求茅山派道士做法事的家族，转而投向了神霄派，只因神霄派宣称其雷法更为灵验强大。茅山派的一位年轻才俊，为了维护门派声誉，主动挑战神霄派的一位知名道士。两人在一片荒山上展开了一场惊心动魄的法术对决。茅山派道士祭起了镇山法宝，一道灵光冲向天际，化作万千符咒，如灵蛇般向对方缠绕而去。神霄派道士则脚踏天罡北斗步，口中念动雷咒，召唤出一道道雷霆，与符咒相互碰撞，轰鸣声震得周围山林的飞鸟走兽四散奔逃。
而全真教，虽兴起于北方，但在南方也有不少信众与道观。全真教注重内丹修炼与清修苦行，对神霄派这种过于追求外在法术表现和借助皇权扩张的做法嗤之以鼻。全真教的一位大师在游历南方时，听闻神霄派的种种作为，不禁摇头叹息。他来到一座神霄万寿宫前，与宫中的神霄派道士展开了一场激烈的辩论。全真教大师质问：“尔等只知借助皇权宣扬神权，却忽视了自身心性的修炼与对道的真正感悟，如此下去，岂不是本末倒置？”神霄派道士则反驳称，只有神霄派能让道教兴盛，让皇帝尊崇，这才是顺应天命之举。双方你来我往，互不相让，引得周围百姓纷纷围观，成为当地一大奇事。
这些冲突，不仅是道教门派之间为了争夺信众、资源和声誉的较量，更是不同道教理念与发展道路的碰撞。在北宋那复杂的宗教与社会环境下，神霄派与其他派别之间的矛盾日益尖锐，犹如一场看不见硝烟的战争，在道教的世界里悄然展开，而其结果，也将对整个北宋道教的发展走向产生深远的影响。
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