朱由榔的想法也并不复杂，一方面通过向军中派驻文官统计军功，既能一定程度上限制虚报军功等不良现象，另一方面也能起到部分监视作用。
而更重要的是，这些参军、主簿是军中主将的属下，但又不能由主将任免，既不可能干涉的到主将决策，又能让主将有所忌惮。
接着，一众君臣又讨论了一个多时辰，从粮饷问题到募兵工作，从辖制问题到文武分野，叽叽喳喳闹了半天，总算定下了一个基本方案。
首先，撤销现有的卫所、募兵编制，重新设立都督府统一管辖。
在这一点上，瞿式耜、何腾蛟是主张直接使用过去的五军都督府编制，但朱由榔却是赞同了吕大器的观点。即现在局势已经不需要过去那种五军分立的分权思想了，当务之急，不如直接学习太祖皇帝打天下时建立的大都督府，由天子亲任天下兵马大都督。
不过朱由榔取“驱除鞑虏、光复中华、重昭社稷、救济斯民”北伐口号中的“光复”二字，给这个大都督府重新定名为光复军大都督府，新编军队也以此得名为“光复军”。
大都督府设立大都督同知一人，大都督签事一人，大都督长史一人（均为正一品）。
大都督之下才分辖前后左右中海六军都督（从一品），同样设有同知、佥事、长史（正二品）。
其中海军都督府是朱由榔所提议设立的，这是他打算留给郑成功的位置，毕竟之前他已经封郑成功为左都督，现在降人家官肯定不合适，干脆给郑成功专门设立一个官职衙门。而且在朱由榔的初步设想中，北伐满清，郑成功的水师将会有极大作用，独设一军也是早晚的事。
而其中的长史一职便是朱由榔所提出的驻军文官，他还指定首辅瞿式耜为首任大都督府长史，并且以此为成例，日后大都督府长史均由内阁首辅兼任。
到这里，这个光复军的编制与之前明廷军制差距还不大，关键在于五个都督府之下。
由于废除卫所，每个都督所辖部队便不再以卫所区分，而是直接以一个新单位“师”为单位。
每都督辖前后左右中五师，师主将为总兵（正三品），以副将、参军为佐（从三品）。
每师又辖若干营（无定数），营主将为参将（正四品）或游击（正五品），以参佐、主簿为副（正五品或正六品）。
其中参将为师的常备主力部队，而游击则类似于后世“独立师”、“独立团”的侧翼部队。
再往下就是按照此时明军募军的一般编制，由哨总、把总、千总之类的辖制了。
除了编制之外，朝廷还重新理清了各品级武将所应授予的散阶，比如各师正三品总兵授予昭勇将军衔，正四品参将授明威将军衔，这就类似于后世军衔制度了。
除了编制问题以外，就是扩军工作了，有了一百万两银子底气的朱由榔出手也阔绰了许多，先拿出十五万两银子出来，由兵部官员出面，让亲军配合在肇庆、梧州、广州、惠州、潮州等地设卡征募青壮士卒。
以明朝后期的募军待遇，应征就给五两安家银，入伍后又给饷银每月七钱，一年约九两。
而与此同时进行的则是裁撤解散军中四十岁以上老弱，重新补充以十五岁以上，三十八岁以下的青壮。
兵部规划预计，此次扩军大约两万三千人，再算上被裁撤的老弱，整编后的两广明军应在五万人左右。
在充足资金的润滑下，这架吱吱呀呀的“袖珍”国家机器转动了起来，兵部开始组织外派官吏，与此同时，之前计划征募人才的陈子壮的工作也取得了进展。
约四百名来自两广、湖广、福建各个府县推举的原朝中离职官吏、未出世的举人、秀才等都向肇庆汇聚。
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郭恪擎刀候在校场一旁，陪护着天子左右视察
校场之中，尘沙飞扬，新分来的一批千余人青壮已经在此报到，正在老兵的呵斥声中进行简单队列训练。
军制改革敲定之后，李景兴、郭恪、赵纪三名亲军将领也得到了新的职务。朱由榔只留下了一千两百精锐亲军作为宿卫，剩下的所有亲兵均重新编入光复军都督府体系。
目前两广的五万大军统一编为光复中军都督府，暂不设都督，分管五师，前师位于广州，以原广州总兵余龙为前师总兵；中师位于肇庆，以原广海卫指挥使庞刚为中师总兵；右师位于漳州，以之前率军降明的赵任为右师总兵；左师位于广西桂林、柳州等地，以原桂林总兵赵印选为左师总兵；后师位于梧州、罗州，由原神电卫指挥使周嘉屏任后师总兵。
整编后的李景兴、郭恪、赵纪三人按照品级均被授予了营参将一职，其中赵纪安排在前师广州府那，而李、郭二人则编入中师，依旧护卫肇庆。
按照新军制，为了做出区分不搞混，营这一编制的命名与师那样前后左中右不同，而是以“某字营”作为命名。
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